1、三元村站有效站台中心里程为右CK8+092.00，设计起终点里程分别为右CK8+045.50、右CK8+158.80。车站主体结构外包长度113.30m，外包总宽18.7 m（净宽17.3 m）。站内线路坡度由东向西0.2%下坡。干将路路面较平坦，考虑河道影响，车站有效站台中心处顶板覆土3.88m。车站废水泵房设在车站西端最低点处。
2、三元村站设置4个出入口（1个预留）分别设在路口四角，设置2组风亭，一号风亭设在东北角市一中操场附近，二号风亭设在西北角三元四村内，另外在4号出入口处预留有自行车停放场地，以供自行车换乘地铁停车之需，消防人员专用通道与一号风亭合建。
3、1号出入口设于干将路南侧、河西侧三元四村住宅小区内，通道宽度4m，按预留考虑；2 号出入口设于西环路和干将路交接处东南角，3 号出入口设于西环路和干将路交接处东北角，4号出入口设于干将路北侧、河西侧三元四村住宅小区内。
4、一号风亭设于市一中分校操场旁绿地内，二号风亭和冷却塔设于西环路北侧、河西侧的一原有2层建筑处，两组风亭均为高风亭。
5、2号出入口部分围护结构采用钻孔咬合桩施工，设计桩径1.0m，桩中心距离0.8m，相邻两桩最大咬合部分为 0.20m，根据基坑开挖深度的不同，设计桩长也有所不同，出车站主体结构标准段桩长为20m，集水井加深段桩长为22.6m，出地面斜坡段由于基坑开挖深度的变化，桩长分别为20m、13.3m、8.8m。2号出入口地质条件复杂，并且经过多次管线改移，废弃管线众多，一条直径1.2m埋深约6m的污水管线斜穿2号出入口，坑内东西方向还有直径0.5m埋深约2m的废弃煤气管线及直径0.5m废气雨水管线，西侧围护结构附近还有一根直径1m埋深约6.5m的废弃污水管线。2号出入口紧邻三元大厦，从围护结构外边至三元大厦结构墙，最近距离仅为2.6m，不仅施工难度巨大，而且对施工质量要求非常高，另外由于2号出入口位于市内主干道上，复杂的交通导改导致施工场地非常狭小。
